1. L'Osservatorio è dotato di un consiglio scientifico che ne indirizza e controlla l'attività, in particolare sotto il profilo culturale e scientifico.
2. Al consiglio scientifico sono demandati compiti di promozione della divulgazione culturale, dell'informazione e della comunicazione, anche attraverso la messa in opera di strumenti multimediali, nonché di cura delle relazioni istituzionali con gli enti similari e con il sistema museale scientifico.
3. Il consiglio scientifico è composto da sei membri nominati dagli organi direttivi delle seguenti associazioni:
a) due dall'Associazione nazionale musei scientifici (ANMS);
b) due dalla Conferenza dei rettori delle università italiane (CRUI);
c) due dal Comitato nazionale italiano dell'International Council of Museums (INCOM).
4. I componenti del consiglio scientifico sono nominati entro sei mesi dalla data di entrata in vigore della presente legge.
5. Il consiglio scientifico è assistito da un segretario generale, nominato dal consiglio su proposta del presidente, e da una segreteria esecutiva nominata dal consiglio, su proposta dei suoi componenti.
6. Al consiglio scientifico sono anche demandate le funzioni riguardanti:
a) le inclusioni e le cancellazioni dei musei scientifici dal catalogo di cui all'articolo 3, comma 2, lettera c);
b) l'ideazione e la gestione di eventuali collane editoriali di valorizzazione dei musei scientifici nazionali ed europei.